Los desacuerdos y conflictos en el sistema de franquicia son un hecho inevitable como en todos los acuerdos comerciales. Los acuerdos de franquicia por una parte implican relaciones a largo plazo y, por ende, de una comunicación eficaz desde el inicio. Por otra parte, incorporan disposiciones complejas que, en algún momento de la relación contractual alguna de las partes cuestiona o incumple.