El diferente ritmo de llegada de los fondos Next Generation a los distintos Gobiernos autonómicos es uno de los más aspectos más polémicos en lo que respecta al reparto de estas ayudas. De hecho, Ejecutivos regionales, como el gallego o el madrileño, siguen quejándose al sentirse discriminados. Ante esta situación, la Comunidad de Madrid llegó incluso a recurrir al Tribunal Supremo en 2022 por un reparto que considera "aleatorio y arbitrario". Tales calificativos no se corresponden con la ejecución de estos fondos que realiza directamente el Estado, donde existe paridad entre las CCAA con mayor peso económico. El problema es que no ocurre lo mismo con el volumen de ayuda europea que el Estado ha transferido hasta ahora a los Gobiernos regionales. Así, Cataluña gestiona en la actualidad de forma directa 3.963 millones de fondos. Una cifra que supera en casi un 40% a los 2.875 millones que tiene a su disposición el Ejecutivo madrileño.
Ello pese a que Madrid supera a Cataluña en la práctica totalidad de variables económicas que deben tenerse en cuenta, como crecimiento, número de empresas, inversión extranjera, etc. Esta manifiesta desigualdad en la distribución de la ayuda de la UE evidencia que los criterios políticos han influido a la hora de repartir un dinero fundamental para impulsar el crecimiento y la modernización de la economía de toda España, no sólo de Cataluña. Pese a ello, todo indica que la importancia del independentismo catalán a la hora de sostener al Gobierno de coalición es lo que ha provocado esta desigual distribución. Un nuevo trato de favor que supone un claro anticipo de lo que podría ocurrir con la reforma de la financiación autonómica, donde parece que Cataluña saldrá beneficiada en detrimento del resto de regiones.
