La transparencia y la rendición de cuentas son dos de los ejes fundamentales de las unviersidades públicas españolas. A lo largo de estos últimos años, todas las instituciones de educación superior han apostado por webs de transparencia donde demuestran la buena gestión que realizan. En este sentido, la universidad pública de Cantabria y la privada Vic-Central de Catalunya son las más transparentes de España, cumpliendo con la totalidad de indicadores que evalúa el informe Examen de transparencia 2016.
Según este estudio, realizado por la Fundación Compromiso y Transparencia (FCyT), la información que menos publican los centros públicos es la relativa al perfil de su equipo docente; los resultados obtenidos, sobre todo académicos y de empleabilidad de sus egresados; los datos sobre la demanda y oferta de plazas de las titulaciones, y, dentro de la información económica, el informe de auditoría externa. Sin embargo, el caso de las universidades privadas dista aún mucho de los buenos resultados cosechados por las públicas.
En relación a la financiación, las universidades públicas han hecho un trabajo excelente. Hacer más con menos recursos. La financiación presenta, desde hace tiempo, diferencias sensibles entre Comunidades Autónomas que se han acentuado en el período 2009-2015, según el informe ¿Quién financia la Universidad? Comparación entre comunidades autónomas en España, Europa y la OCDE, 2009-2015, elaborado por el Observatorio del Sistema Universitario. La financiación varía entre los 8.429 euros por estudiante del País Vasco y los 4.730 euros de la Comunidad de Madrid. Con independencia del tipo de universidad, pública o privada, en 2014 España se sitúa un 16,8 por ciento por debajo de la media de la UE22, y un 13,1 por ciento por debajo de la media de la OCDE. También, destacan que España mantiene sus precios (para las matrículas) de los más altos de la UE y también un acceso a estudios universitarios inferior al de los países desarrollados de su entorno.
Asimismo, y según La Universidad Española en Cifras 2015/2016, un informe, editado por Crue Universidades Españolas, la producción científica, la transferencia de resultados de investigación a la sociedad y los ingresos por licencias y patentes ha prosperado. Esto se traduce en que el sistema universitario español investiga mucho y bien. La Conferencia de Consejos Sociales de las universidades españolas recientemente ha lamentado que, a pesar de su buena labor, "no es capaz" de trasladar esta tarea al ámbito productivo y convertirla en más puestos de trabajo. Por ello, plantean que se creen unos nuevos sexenios o incentivos relativos a la producción científica, como patentes, y no sólo a la publicación de artículos de investigación. Asimismo, esta conferencia ha reclamado una necesaria internacionalización de la universidad más allá del Programa Erasmus, con más titulaciones en inglés, planes de estudios con estructura de 3+2 (tres años de grado y dos de máster) y más política de marketing y comunicación, tal y como hacen los sistemas universitarios estadounidenses o británicos.
Por otro lado, otra tarea pendiente que tiene la universidad es atraer más estudiantes extranjeros que no provengan de ningún plan de becas internacional o europeo y seducir a docentes de fuera, como esclarecen los datos recogidos por Eurydice.
Las instituciones españolas también están poniéndose al día con su eficiencia en grados, eliminando los que menos demanda tienen y aprovechando recursos a través de fusiones de facultades o eliminación de departamentos. Algo muy necesario para aprovechar de manera eficiente los recursos. En Europa, desde el año 2007, las fusiones han sido algo muy común. El debate de las integraciones lleva muchos años latente en España, pero no se ha hecho algo de más envergadura. Los detractores de las fusiones indican que se necesita mucho tiempo y energía para ser exitosas.