
La Inquisición en Canarias no era temida por su estricto control de la moral sino porque era una empresa de contrabando de espaldas a lo que pasaba en la Península: una cortina de humo para hacer negocios internacionales que acabó manga por hombro y su prestigio por los suelos. Ni denuncias recibía ya que la gente se confabulaba para no darle juego. Por aburrimiento, sus funcionarios se dedicaron a hacer dinero. Si en la España de 1559 se controlaba el paso de mercaderes extranjeros en Canarias sus jefes se sentaban a gestionar intereses. Tal fue el clima de cachondeo empresarial que los comerciantes canarios denunciaron al Santo Oficio por competencia desleal ante las autoridades. En Canarias no se practicaba detención alguna de empresarios extranjeros que importaban mercancías como libros de luteranos. Las noticias que llegaban de las islas eran siempre fuente de tranquilidad. El licenciado Padilla en mayo de 1559 mandó una carta a Sevilla diciendo que el mercado canario estaba limpio de herejes, que en Canarias no había protestantes extranjeros y menos isleños. Sin embargo, había más extranjeros protestantes viviendo en Garachico (Tenerife) que en toda Madrid. En ese tiempo fue un mercader británico, Thomas Nichols, el único acusado de luteranismo, según la tesis de Cioranescu, 'Thomas Nichols, mercader de azúcar, hispanista y hereje'.
Tal era el desmadre en Canarias que en 1563 al Santo Oficio no le quedó más remedio que aplicar en Canarias un artículo 155: secuestró todas las competencias. Los inquisidores se dedicaban a sus negocios con contrabandistas con el visto bueno del Obispado de Canarias y el capitán general de las islas. Y es que antes, en 1562, recibió una llamada de atención nada menos que del capitán general de Canarias, De la Cueva: armó a vecinos de Las Palmas para liberar un ciudadano detenido por la Inquisición. A la vista del respaldo que tenía, los funcionarios se dedicaron a los negocios y todo el mundo evitaba choques de intereses. El propio gobernador De la Cueva, como señala el relato de la visita de Inspección que consta en AHN en caja 1832 y sobre todo 1831-4, se puso del lado de los contrabandistas en una carta a la Inquisición ya que el rey le había nombrado para mantener el orden en las islas, ayudar a los aliados de la Corona y combatir a sus enemigos. Para De la Cueva los controles del Santo Oficio dañaba al comercio canario y a los ingresos de la Hacienda estatal. El capitán general de De la Cueva lo dejó escrito: "es cosa muy peligrosa que haya tanto numero de extranjeros entre nosotros". La economía estaba por encima de la religión.
A partir de 1567, como detalla Millares Torres en 'Historia de la Inquisición en Canarias', llegó a Canarias el que fuese fiscal en Toledo, Diego Ortiz de Fúnez que ya en 1569 había hecho presos a 49 personas, dos de ellos ingleses. Esa ausencia de extranjeros no impidió que fuese isla a isla a buscar acusaciones de fraude hasta llegar a 377 acusados. Muchas de las denuncias eran simplemente problemas entre vecinos pero servía para mandar resultados estadísticos a la Península de la implantación de mayores controles, según consta en 'La hacienda del tribunal de [...] Canarias' de Martinez Millán en Archivo Histórico Nacional, donde se recoge 'Informaciones hechas acerca de los oficiales y familiares que comercian y no pagan los derechos de Su Majestad' de 1591.
Denunciar a todos los gomeros
A la hora de paralizar negocios Ortiz se encontró que debió denunciar toda la isla de La Gomera por proteger a 24 vecinos que hacían negocios ilegales con empresarios protestantes de Inglaterra y Francia. En La Gomera atacó al gobernador Juan de Ocampo de dirigir negocios ilegales además de Miguel de Monteverde, funcionario a la par que negociante que fue traductor del pirata francés Jacques de Soria en 1570. De Soria hizo en La Gomera un mitin contra la Iglesia y De Monteverde tradujo sin problema porque, de lo contrario, exponía a la isla de ser víctima de un ataque pirata. En un juicio de 1574 ni fueron al tribunal aunque tuvo menor suerte Daniel Vandamme, un acaudalado hombre de negocios que estuvo tres años presos de forma preventiva hasta que fue absuelto.
Los empresarios canarios denunciaron que el funcionario Francisco Madaleno y sus colaboradores en el tribunal como los familiares abusaban de los privilegios del Santo Oficio para montar cada uno su comercio, comprando y vendiendo productos de las islas, de la Península e incluso de América sin pagar impuestos con productos como el aceite, la pesca, el ganado, productos textiles, pan y queso. De Madaleno compraba por su condición grandes cantidades de trigo en Lanzarote y Fuerteventura para venderlas a precio muy subido en Gran Canaria y Tenerife. Lo mismo habría hecho con carneros de Fuerteventura, cebo de Lanzarote, mosto de Telde y madera de pipas de Tenerife, madera que habría vendido al capitán general de Canarias Luis de la Cueva y Benavide en 1591 con dinero del Santo Oficio.
Tal era el descontrol que Francisco Madaleno ya se había consolidado como exportador de materias primas hasta el extremo de enviar a Francia azúcar a cambio de lienzos que después vendía como impuesto revolucionario a las clases pudientes canarias. En 1590 llegó a Las Palmas el funcionario Francisco Ybáñez llegó como secretario de la Inquisición y en su primera carta dice: "que en ésta hay grandísimo escándalo y en las demás de este distrito hay y que la casa de la Inquisición parece la lonja y se vende en ella todo lo que puede vender un buhonero". El Consejo de Hacienda tomó cartas en el asunto y en junio de 1591 se dicta una orden que impide a los funcionarios inquisitoriales el tráfico de mercancías exento de impuestos "de no ser para su uso particular". El primer día de marzo de 1592 Francisco Madaleno muere y en 1598 la Audiencia Real vuelve a crear una norma que restringe las operaciones comerciales de los técnicos de la Inquisición y se producen disturbios en las islas. Nadie quería al Santo Oficio en Canarias cerca. No hay que olvidar que en 1818 Fernando VII nombró a su confesor, el canario Cristóbal Bencomo, como Inquisidor General de España y rechazó el cargo.