La Fiscalía ha presentado querellas contra el presidente catalán, Carles Puigdemont, el resto del Govern y algunos responsables de proceso de autoindependencia por los delitos de la desobediencia, prevaricación y malversación. El catálogo del Código Penal es muy amplio para situaciones como la que se está viviendo en España, en la que un grupo de cargos públicos, parlamentarios autonómicos, políticos, funcionarios y ciudadanos de a pie tratan de subvertir el orden constitucional, buscando separar una parte de España del resto y desobedeciendo a las instituciones del Estado, fundamentalmente al Tribunal Constitucional.
En la actualidad hay antecedentes admitidos a trámite ante los tribunales por rebelión y sedición, que son los tipos delictivos que se ajustan a estos hechos, pero aún no se han fallado. En otros casos, los jueces no han encontrado los motivos suficientes para admitir las demandas, aunque no es descartable que la Fiscalía acabe utilizando estos dos tipos penales frente a las personas más relevantes.
El artículo 472 del Código Penal considera rebelión el alzamiento violento y público con el fin de declarar la independencia de una parte del territorio nacional. Se castiga en su máximo grado con penas de 25 a 30 años. Su aplicación se vio recortada en la reforma del Código Penal de 1995, al incluirse la condición para aplicarlo de que se actúe con violencia y dirigiéndose al público. No obstante, la jurisprudencia engloba en el concepto de violencia no solo la física, sino también la que se realiza para conseguir el fin buscado mediante, por ejemplo, la coacción.
Por otro lado, el artículo 544 del Código Penal determina que la sedición es el alzamiento público y tumultuario para impedir, por la fuerza o fuera de las vías legales, la aplicación de las leyes, el legítimo ejercicio de sus funciones a cualquier autoridad, corporación oficial o funcionario público, o el cumplimiento de acuerdos, o de las resoluciones administrativas o judiciales. Se castiga con penas de 10 a 15 años. En este caso no es preciso actuar con violencia sino al margen de la ley y de forma tumultuaria, además de perseguirse un fin de subversión política o social.
El problema para los jueces está en distinguir lo que constituye el ejercicio de un derecho de reivindicación, sobre todo cuando no consta que para hacer uso del mismo se hubiera empleado la fuerza o utilizado vías al margen de las legales. Con respecto al alzamiento tumultuario, la jurisprudencia suele considerar situaciones en que intervienen varias personas, tomándose por el Tribunal Supremo en torno a 30 personas.
Aunque la Fiscalía tiene un campo muy amplio para demandar la aplicación de los delitos de rebelión y sedición, no todas las actuaciones consideradas por los fiscales lo son.
Como ejemplo, el juez del Juzgado de Instrucción de la Audiencia Nacional nº 2, Ismael Moreno, se inhibió en el caso de Joan Coma, concejal de la CUP en el Ayuntamiento de Vic (Barcelona), que promovió una moción a favor del 9-N en 2015. El juez en su auto encontraba "una tenaz voluntad de desobediencia a la legislación estatal con la finalidad de crear un Estado catalán independiente a través de un procedimiento no previsto en la Constitución española vigente".
Sin embargo, terminó concluyendo que el acusado solo se dirigió a instituciones oficiales y no consta que efectuara una proposición a los ciudadanos para que participasen en un alzamiento público y tumultuario para impedir la aplicación de las Leyes o el cumplimiento de las resoluciones judiciales, en este caso del Tribunal Constitucional.