Este órgano colegiado tiene como objetivo contar con el asesoramiento y presencia de personalidades e instituciones de reconocido prestigio relacionadas con cualquier actividad vinculada a Atapuerca y la Evolución
El día 8, en el Museo de la Evolución Humana de la ciudad de Burgos, el Presidente de la Junta de Castilla y León, Juan Vicente Herrera, ha presidido la constitución del Consejo Rector del Sistema Atapuerca, Cultura de la Evolución. Este Consejo Rector es un órgano colegiado que se reunirá al menos dos veces al año y cuya misión es la de asesorar en relación con los programas de funcionamiento y con las propuestas o solicitudes de integración en el Sistema Atapuerca, Cultura de la Evolución. Tras su constitución forman parte de él 16 miembros aunque está previsto que pueda llegar a tener un máximo de 20. La Presidencia de Honor corresponde al Presidente de la Junta de Castilla y León y la Presidencia a la Consejera de Cultura y Turismo.
En fechas próximas se constituirá también el Comité Científico del Museo de la Evolución Humana, que tendrá funciones consultivas y de asesoramiento técnico-científico respecto de la actividad del Museo y estará formado por un máximo de 12 miembros.