Tanto Mubarak como Habib el Adli fueron juzgados por la muerte de unas 850 personas durante la revuelta popular de enero y febrero de 2011.
Este fallo provocó que miles de personas salieran a las calles para abuchear a los militares en el poder desde la renuncia de Mubarak y criticar los veredictos.
Por la noche, grupos de desconocidos atacaron en dos ciudades los locales de campaña del candidato presidencial Ahmed Shafiq, último primer ministro de Mubarak, según un responsable de los servicios de seguridad.
El tribunal tampoco condenó a los dos hijos de Mubarak, Alaa y Gamal, juzgados al mismo tiempo por corrupción, al considerar que los hechos prescribieron. Sin embargo se enfrentan a otro juicio, que debería abrirse próximamente, por un caso de corrupción bursátil.
Tras la sentencia, estallaron breves enfrentamientos ante el tribunal, dejando un saldo de 24 heridos leves, y también en la sala de audiencia.
"¡El pueblo quiere que se limpie la justicia!", gritaron algunos abogados furiosos.
Algunos letrados afirman temer que Mubarak y Adli sean declarados inocentes en apelación.
El juez Rifaat dijo haber tomado su decisión con "la conciencia tranquila".
Tuvo palabras muy duras para la situación de Egipto durante los treinta años de reino de Mubarak y rindió homenaje a los manifestantes que se sublevaron contra el régimen.
"Se dirigían hacia la plaza Tahrir pacíficos, sólo pedían justicia, libertad, democracia", afirmó.
El veredicto fue comunicado en plenas elecciones para designar al sucesor del presidente derrocado, en unos comicios pluralistas que contrastan con las votaciones que permitieron al ex "rais" mantenerse en el poder durante tres décadas.
Antiguo jefe del ejército del aire egipcio y luego vicepresidente de Anuar al Sadat, Mubarak tomó las riendas del país tras el asesinato de Sadat en 1981.