La sentencia no considera que exista relación de ETA en los atentados del 11-M. El tribunal ha señalado que ninguna de las pruebas practicadas sobre una posible relación de ETA con los atentados avala la teoría de que esta banda terrorista participara en los atentados del 11 de marzo de 2004 en Madrid.
El presidente ha mencionado uno por uno los informes disponibles al respecto y aseguró que ninguna demuestra la relación. En el apartado de "origen de explosivos y detonadores", el Tribunal ha afirmado con "convicción" que "toda o gran parte" de la dinamita empleada en las explosiones de los trenes de Cercanías y "toda la de Leganés" procedían de Mina Conchita.
Según la conclusión probatoria, el explosivo fue una dinamita plástica tipo goma, no se sabe de qué marca pero sí que toda era de Mina Conchita. La empleada en el suicidio de los siete islamistas terroristas de Leganés era Goma 2 ECO. La sentencia destaca además que la falta de determinación exacta de una marca "no influye en la responsabilidad jurídico penal" de los condenados.
Además, el tribunal tampoco asume la tesis de que los terroristas que colocaron las bombas en los trenes de Cercanías se desplazaran hasta Alcalá de Henares en dos vehículos -la Renault Kangoo y un Skoda Fabia, ambas encontradas en las proximidades del lugar de los hechos- sino que los tres magistrados sólo estiman acreditado que de la furgoneta bajaron tres individuos y sólo uno de ellos se dirigió hasta la estación de cercanías.
Por su parte, el juez Gómez Bermúdez ha anunciado que las víctimas serán indemnizadas con entre 30.000 y 1,5 millones de euros, y el reparto de las mismas "variará en función del grado de las lesiones". Bermúdez ha informado que se establecerá un total de "12 grupos ordenados de menor a mayor en función de la gravedad de las lesiones sufridas".