Wagoner ha sido desde su juventud un excelente deportista. Facultad que desarrolló en el instituto donde se convirtió en un carismático y excelente jugador de baloncesto. Quizás por eso sus compañeros le tratan más como un entrenador que como un directivo.
En 1977, tras finalizar su master, aceptó una posición como analista financiero en GM. Tuvo que trasladarse a Nueva York, una ciudad que consideró abrumadora en un principio pero que más tarde le permitió trabajar "en un gran ambiente con un gran equipo", según sus palabras.
Aconsejado por su esposa decidió dar el salto internacional y en 1981 se convirtió en tesorero de la filial brasileña (General Motors do Brasil). En 1984 fue nominado como director ejecutivo de la unidad, puesto que ocupó hasta1987, cuando se convirtió en vicepresidente de GM Canadá.
En junio del 2000 se convirtió en el consejero delegado más joven de GM sucediendo a Jack Smith en el puesto. Smith aseguró que el traspaso se debió sólo a los meritos de Wagoner, sino a un voto de confianza de que el joven podría elevar los índices de ventas y producción de la compañía.
Fue nombrado Ejecutivo del año por las industrias automovilísticas en 2001.