La Audiencia Nacional y los distintos Juzgados Centrales de Instrucción españoles están investigando en este momento más de una decena de causas por delitos de genocidio y lesa humanidad, en que existen víctimas españolas y que no han sido investigados por ningún otro Estado o por algún tribunal internacional. Ahora, todas ellas, quedarán archivadas porque los nuevos requisitos para investigar se aplicarán de forma retroactiva.
Genocidio en el Tíbet. En España está abierta la causa contra la cúpula militar y política de China por el presunto genocidio en el Tíbet. Poco antes de que el PP presentara la proposición de ley, la Audiencia emitió una orden de busca y captura del expresidente chino Jiang Zemin y otros cuatro dirigentes.
Caso José Couso. La muerte en 2003 del cámara José Couso en Irak, que conmocionó a la opinión pública española, llevó a la Audiencia a abrir una causa por la que se acusa a varios militares estadounidenses.
Ruanda y Sáhara. En 2005, la Audiencia admitió a trámite una querella para investigar el asesinato de nueve ciudadanos españoles entre 1994 y 2000 en Ruanda que derivó en el procesamientode 40 altos cargos del Frente Patriótico Ruandés Un año después el mismo Tribunal admitió una querella contra 13 altos cargos de marruecos por el asesinato, las torturas y desapariciones de ciudadanos saharahuis en los años 70, 80 y 90.
Guatemala. La Audiencia Nacional ha imputado a un total de 10 ex altos cargos del Gobierno guatemalteco por un genocidio en el que se investiga, entre otros hechos, el incendio de la Embajada española en ese país en 1990, en el que murieron 37 personas.
Ignacio Ellacurría en el Salvador. Ignacio Ellacuría y otros cuatro españoles fueron asesinados en 1989 a manos de militares salvadoreños en los que se conoce como la "Masacre de los Jesuítas". La Audiencia admitió en 2009 una querella contra el presidente de El Salvador Alfredo Cristiani y otros 14 antiguos oficiales y soldados.
Caso Carmelo Soria. En 2012, la Audiencia procesó a siete exagentes de la extinta Dirección de Inteligencia Nacional de Chile por el secuestro y asesinato del diplomático español Carmelo Soria en 1976 durante el régimen del dictador Augusto Pinochet. Todos ellos tienen órdenes de detención aún incumplidas.
Campos de concentración nazis. Una representación de varios supervivientes y familiares de víctimas españolas en campos de concentración en Austria y Alemania presentó una querella en junio de 2008 contra cuatro ex miembros de la SS Totenkopf alemanas por delitos de lesa humanidad, incluidos asesinato, exterminio, esclavitud, deportación, tortura y otros actos inhumanos. La Fiscalía la apoyó al considerar que en los campos de Mauthaussen,Sachsenhausen y Flossenbürg) pasaron, al menos, 7.000 españoles republicanos que fueron sometidos "a programas de exterminio". La Audiencia admitió la querella. El juez dictó un auto de procesamiento en septiembre de 2009 contra tres exguardias nazis y ordenó su encarcelamiento provisional con una orden europea. Los encausados se encuentran en EEUU, donde entraron ilegalmente.
Caso Gaza. Cuando la Audiencia Nacional abrió en 2009 un proceso contra el exministro israelí Benjamin Ben-Eliezer por la matanza de 14 civiles en Gaza en 2002, llegaron las primeras restricciones a la jurisdicción universal. La Fiscalía se opuso a la competencia de los tribunales españoles y se ordenó el archivo. La acusación aún se mantiene a la espera de que el Tribunal Supremo se pronuncie sobre el recurso de casación presentado el 21 de septiembre de 2009.
Caso Guantánamo. La Audiencia recibió en 2009 una querella contra el ex Fiscal General de Estados Unidos, Alberto Gonzáles, y otros cinco asesores jurídicos de la Administración norteamericana por crear, justificar e implementar actos de tortura en Guantánamo. Antes de resolver su admisión a trámite, el Juzgado de Instrucción nº 6 cursó una comisión rogatoria a Washington para saber si los hechos denunciados estaban siendo ya investigados. La petición se realizó en mayo de 2009 y todavía no hay respuesta.
